En Prototype 1, juegas como Alex Mercer, un científico que se convierte en un superhéroe con poderes increíbles después de ser infectado por un virus creado por una empresa farmacéutica llamada Genosha. A medida que avanzas en el juego, descubrirás que el virus ha transformado a Alex en un ser con habilidades sobrehumanas, como super velocidad, agilidad y la capacidad de regenerarse.