En Inazuma Eleven 3: La Amenaza del Ogro, los jugadores asumen el papel de un equipo de fútbol llamado Raimon, que se enfrenta a una serie de desafíos y amenazas en el mundo del fútbol. La trama gira en torno a la llegada de un misterioso ogro que amenaza con destruir el mundo del fútbol. Los jugadores deben guiar a su equipo a través de una serie de partidos y batallas para detener al ogro y salvar el fútbol.