प्रिज़न ब्रेक सीज़न 1 की कहानी दो भाइयों, माइकल स्कॉफील्ड (वेंटवर्थ मिलर) और लिंकन बर्ब्स (डोमिनिक पर्सेल) के बारे में है। माइकल एक इंजीनियर है जो अपने भाई लिंकन को बचाने के लिए जेल में जाता है, जिसे गलत तरीके से हत्या का आरोप लगाया गया है। माइकल जेल में जाने के लिए अपने शरीर पर जेल के नक्शे को टैटू करता है और अपने भाई को बचाने के लिए एक योजना बनाता है।