La serie sigue las aventuras de los clones de la República Galáctica, creados para servir como soldados en el ejército de la República durante las Guerras Clónicas. La historia se centra en el escuadrón de clones conocido como "Bad Batch", un grupo de clones con habilidades y personalidades únicas. A lo largo de la serie, el escuadrón se enfrenta a diversas misiones y desafíos mientras lucha contra las fuerzas separatistas lideradas por el Conde Dooku.